Честно говоря, не помню есть ли такая настройка в named.conf, но у 'named' есть ключи для запуска под определенным пользователем и группой - '-u' и '-g' соответственно.
Т.ж. я бы поискал в /etc/default, может быть там есть соответствующий файлик конфигурации, где можно это указать.