Использовать неплохо. Плохо пользоваться гуи для изменения базы, создания таблиц и т.п.. Лучше писать скрипты и запускать их в workbench. Скрипты хранить рядом с проектом, чтобы можно было посмотреть, как модифицировалась структура, не влезая в логи. workbench удобно использовать для просмотра базы и прочих обозревательных целей, соединяться с разными базами, удаленными и проч, когда все в разных вкладках рядом с друг с другом. Выводить таблицы в консоль неудобно, для каждой сортировки скрипт писать, бе. Я в консоли только сами базы создаю, патчи (скрипты) накатываю или дамп снимаю.
Еще есть прекрасная платная альтернатива в лице DataGrip.
Простой
