Я предпочитаю использовать в работе dbForge Studio for MySQL. Есть русская редакция, есть бесплатная версия. Все необходимые задачки типа сравнения и синхронизации данных, дизайнера и построителя запросов, автодополнения кода и т.д. можно выполнять с помощью этого MySQL GUI.