Некоторое время назад я обращался в официальную техподдержку. Мне ответили, что раньше функция удаления была, но иногда разработчики неправильно ее использовали и случайно удаляли свои приложения. После этого возможность удаления приложений убрали совсем. Типо заботятся о разработчиках. Смешная отмазка конечно. Так я и поверил. :)
В общем, на данный момент приложения удалить нельзя. Можно только только скрыть их из стора. По прямой ссылке они будут по-прежнему доступны. Плюс к этому, если дополнительно отменить публикацию, то и скачать их будет нельзя.