Чтобы хранить разные ветки в разных папках вы можете склонировать один и тот же репозиторий в две разные папки, в каждом из получившихся локальных репозиториев переключиться на нужную ветку. Но смысла в этом нет никакого, ибо это переключаться достаточно просто и безболезненно с помощью checkout и stash.
Но обычно для таких общих фиксов для веток, которые не планируют сливать, заводят отдельную ветку от общего родителя (если это возможно), коммитят в нее фиксы и подмерживают в ветки, где эти изменения нужны.
Если так сделать нельзя (слишком давно отбранчевались от родителя и мержить будет сложно), то можно коммитить в оду из веток, но в другую не мержить ее всю напрямую, а перенести лишь новые коммиты с помощью команды cherry pick.
