Скорее всего уже не актуально, но кому-то может быть полезно.
Если я правильно понял вопрос, то это решается добавлением алиасов домена в разделе WEB.
UP
А если нужен разный robots.txt для разных доменов, то в случае с NGINX это делается примерно так
server {
...
server_name domain1.ru domain2.ru;
...
location = /robots.txt {
allow all;
log_not_found off;
access_log off;
alias /home/username/web/domain1.ru/public_html/robots/$host.txt;
}
...
}
Естественно нужно сделать новый шаблон NGINX в VestaCP и назначить его на домен.