После выполнения работы скрипта в <body> записывается очень много атрибутов. Которые в дальнейшем недопустимы.
Можно ли как-то отчистить ВСЕ атрибуты сразу?
Не имеет значения, как он будет срабатывать. Нельзя удалять все атрибуты, потому что вы не знаете кто и зачем их поставил. Если у вас какая-то логика зависит от того, что у body вообще не будет атрибутов - это кривая логика.
Разумеется, когда я говорю "должен" и "нельзя", я имею ввиду "если вы хотите писать хороший код" и "в общем случае". Вы вольны стрелять себе и пользователям в ноги так, как пожелаете. А может даже в конкретных ваших условиях это не является проблемой, потому что вы полностью контролируете среду (нет других скриптов, нет браузерных расширений и т.п.).