RTT = round trip time, значение промежутка времени, в течении которого будет ожидаться ответ на запрос, перед тем как прекратить попытки или совершить еще одну. Вычисляется для каждого хоста (и группы хостов) отдельно.
Посмотрите в лог:
nmap -d2 -vv -p8000 -iL ip_part2.txt -oG res_part2.txt --host-timeout 500 > tmpnmap1.log
Ошибка появляется постоянно или иногда? Возможно это из-за перебоев в доставке.
Еще можно посмотреть с опцией -T1 будет ошибка или нет?