На продакшене нужно будет поставить Magento с нуля и установить написанные вами расширения. Если вы собрались менять структуру БД, значения конфигурации по-умолчанию, то это нужно реализовать в install/upgrade скриптах, чтобы при переносе кода БД обновилась до нужного вам состояния.