Отключить на странице JavaScript и при этом нормально работать со страницей из JS не получится. Но если так хочется отключить JS (а можно и картинки), то задается настройками модуля WebPage: phantomjs.org/api/webpage/property/settings.html
Если работа идет через WebDriver, то отключается через javascript.enabled=false. Реализация зависит от выбранного языка.