нет мне нужно как то встроить свой код в код уже работающего приложения. Но как бы что бы это было только у меня.
Ну так оно и будет только у вас, оно же клиентское, а если и есть сервер, то вы же его не взломаете!
Разумеется, возможно, у Chromium открытый исходный код, поэтому и CRX перепаковать возможно если поработать над этим, правда вот у расширений (не приложений) видел проблему, что они сверяются с оригиналами из Магазина, но можно поставить перехватчик трафика или "пропатчить сам Chromium, а если в вашем браузере можно установить приложение не из Магазина, и оно будет работать после его перезапуска, то этой проблемы не будет вовсе.