Попробуйте
NAPS2.
Поддерживает создание профилей сканирования для разных типов документов и устройств. Умеет делать пакетное сканирование для планшетных сканеров. Умеет сохранять как в файлы графических форматов (в т.ч. многостраничных), так и в PDF. Есть базовые инструменты (покрутить-обрезать), которые можно применять уже после сканирования пачки документов. Умеет сканировать через TWAIN и WIA, причем настройки яркости и контрастности можно применять как посредствов драйверов принтера, так и уже после сканирования. Последнее может быть полезно для упоротых устройств, которые игнорируют настройки яркости\контраста.
Есть CLI, так что,
возможно, получится свести задачи сканирования к одному ярлыку.
Бесплатная.