На одном слое стоит блендинг Linear burn.

При объединении получаю белый фон.

Забыл упомянуть, что слой непрозрачный, с белым фоном сам по себе. Просто из-за блендинга он убирает все белое из-за бэкграунда.
Тут два слоя: объект и тень. Тень-то я и не могу экспортировать. При объединении, конвертировании в смарт-объект этот блендинг просто убирается.
Flatten image не получится, поскольку нужно объединить только определенные слои, при этом не скрывая фона, потому что за счет него и происходит блендинг.
Я так понимаю пока это вообще не возможно. Пока делаю Color range на белый а после удаляю.
Если что, то вот psd
graphicburger.com/designer-desk-essentials