Во-первых, .NET тоже потихоньку осваивает Linux.
Во-вторых, госсектор не является единственным или основным заказчиком .NET-решений. А уж к Enterprise госсектор и вовсе имеет весьма опосредованное отношение.
В-третьих, означенное "пересаживание" может запросто затянуться на долгие годы: школы вон тоже на Linux перевести хотели еще лет 8 назад, и что?
Наконец, при желании легко найти лазейки. Скажем, разработанная система будет не устанавливаться в госконтору напрямую, а предоставляться некоей коммерческой организацией как сервис (по удачному совпадению эта организация будет явно или опосредованно принадлежать какому-нибудь чиновнику ;)).
Одним словом, не беспокойтесь :)
P.S. И что такого откатного в продвижении C#? Не откатнее остальных :)