Может
как будет вестись запись в трудовую
Деятельность ИП не записывается в трудовой сама по себе. Так что обычно будет вестись как для любого другого человека.
Основная деятельность будет считаться его деятельность в ИП или в организации?
Что есть основная деятельность? Она важна для девушек в случае расчёта декретных (тут подробности расчёта уж не знаю) а так вы просто работаете как ИП и платите как ИП от этой деятельности налоги и обязательные взносы в конце года.
С зарплатой 2 варианта:
Первый
Зарплату получаете на карту физлица и работодатель с неё так же уплачивает в фонды необходимые взносы. Деятельность регламентируется трудовым договором обычным, вы получаете запись в трудовой.
Второй
Зарплату вам платят на счёт ИП, с этой суммы надо заплатить налоги 6 или 15% (в зависимости от выбранной системы), работодатель с вашей. Выгоднее и вам и работодателю. Но деятельность скорее всего тут будет регламентироваться не трудовым договором а неким контрактом на выполнение работ с иными условиями разрыва отношений. Запись в трудовую в этом случае не взносится (может быть и можно внести, тут нужна более подробная консультация юристов). Работодатель в этом случае выступает просто как клиент, заказчик для ИП, а вы как подрядчик.