Есть такая штука штатная Native Package называется, собирает софтину с зависимостями и рантаймом в кучу.
«Write Once, Run Anywhere» относится не совсем так как вы поняли, это означает что написав код единожды его можно без изменений\перекомпиляции запустить где угодно где установлен рантайм явы. Т.е. рантайм берет на себя все сложности и тонкости работы с с железом\операционкой\файлами а вам как программисту предоставляет единый интерфейс для этого. Т.е. установленный рантайм как минимум нужен на целевой машине или эе это будет native package билд под под платформы mac\linux\win.
