Одно дело справочник по функциям с полным описанием аргументов и примеров (тут понятно у каждого языка свой справочник), а другое дело собрать это всё в большую работоспособную систему с проработанной архитектурой. Эти принципы уже для многих языков могут быть одинаковыми.
Хорошая программа на PHP или любом другом языке, мне кажется, включает в себя правильное использование функций в правильной архитектуре.
По функциям — php.net в помощь. По архитектуре и шаблонам конкретного источника не назову, но выделю отдельно автора — М.Фаулер.
Терпение и труд — всё перетрут.