Остались конфигурационные файлы в домашней директории как вариант. Для начала нужно создать нового пользователя и посмотреть, если там нет такого значит точно виноваты конфиги в домашней папке. Если так же значит поломаны уже общие файлы скорее всего настройки компиза. Можно попробовать поковырять через компиз менеджер или переустановить полностью unity.