Определенно любые функции нужно иметь в отдельных файлах, а не в самом коде, ибо если вдруг нужно будет найти какую-либо функцию, чтобы отредактировать ее тело, найти ее будет весьма проблемно.
xmoonlight хорошо описал, что стоит разные виды функций раскладывать по разным файлам. Плюс этого еще и в том, что тогда можно подключать файлы с разными функциями только по мере необходимости в них. Что-то сродни библиотекам. Хотя на самом деле в PHP большое количество кода - это экономия на спичках, это же не JS.