Исправил таким образом на версии zcs-10.1.6
Если собираете zimbra с git репозитория, то измените DEFAULT_CHARSET в файлах ZMimeParser.java и MimeHeader.java в модуле zm-mailbox с CharsetUtil.ISO_8859_1 на CharsetUtil.UTF_8 это решит проблему с битыми вложениями.
private static final Charset DEFAULT_CHARSET = CharsetUtil.normalizeCharset(CharsetUtil.UTF_8); // ZMimeParser
static final Charset DEFAULT_CHARSET = CharsetUtil.normalizeCharset(CharsetUtil.UTF_8); //MimeHeader
Так же можете исправить неверное соединение имени файлов (лишние двойные ковычки и закрывающая двойная ковычка)

благодаря этому коду в файле Mime.java в методе getFilename:
public static String getFilename(MimePart mp) {
String name = null;
// first, check the Content-Disposition header for the "filename" parameter
try {
String cdisp = mp.getHeader("Content-Disposition", null);
if (cdisp != null) {
// will also catch (legal, but uncommon) RFC 2231 encoded filenames
// (things like filename*=UTF-8''%E3%82%BD%E3%83%AB%E3%83%86%E3%82%A3.rtf)
name = new ContentDisposition(cdisp).getParameter("filename");
// Регулярное выражения для выделения на части собранного названия документа
Pattern DELETE_BRACKETS_FROM_SPLIT = Pattern.compile("(.+?)(\\\"\\\")");
// Регулярнрое выражение для нахождения лишней КОВЫЧКИ с конца
Pattern DELETE_BRACKETS_FROM_END = Pattern.compile("(\")$");
if(DELETE_BRACKETS_FROM_SPLIT.matcher(name).find() & DELETE_BRACKETS_FROM_END.matcher(name).find()){
// НАходим группы с помощью регулярки и оставляем группы по индексу $1
name = DELETE_BRACKETS_FROM_SPLIT.matcher(name).replaceAll("$1");
// Заменяем найденные группы на пустоту
name = DELETE_BRACKETS_FROM_END.matcher(name).replaceAll("").trim();
}
}
} catch (MessagingException me) {
}