Сходу это умеет Symantec encription чего-то-там... Создать зашифрованный файл и открывать PGP-ключами или разными паролями.
Какая-то из редакций этого софта бесплатна (отличия в функционале). Может, эта хотелка там есть.
Увы, есть проблема - контейнер, уже открытый одним пользователем, не может быть открыт другим.