Уточните, какой требуется результат - объединение удаленных сетей в один широковещательный домен или просто "видимость" на уровне L3? MikroTik успешно решает эти задачи различными способами, здесь уже вопрос предпочтений и вкусов.
Если вам нужен единый брудкаст домен со всеми вытекающими то используете либо EoIP или PPTP(BCP).
если вам нужны обычный L3 vpn то самым дешёвым является ipip туннель, так как у него самый маленький оверхафд.