JavaFX Scene Builder установите, он на выходе даст FXML (XML-файл) с разметкой интерфейса, наподобие HTML, этот формат удобно редактируется как вручную, так и с точки зрения Scene Builder'а, затем этот файл можно подключить и создать по нему Scene, в новых версиях Eclipse с этим стало еще удобнее, хотя и не помню чем именно.