Если проект только свой, - делаете так как вам удобно.
Если работает команда, то договариваетесь вместе с командой.
Если предполагается выкладывать на публику, то в репе не должно быть ничего лишнего. А значит весь мусор в виде конфигов используемых программ пишем в гит-игнор.