Обычно однопиксельные гифы используют для статистики. В письмах и на сайтах. А затем можно проанализировать логи запросов и к примеру понять сколько получаетелей рассылки прочли письмо.
Так же иногда используют как костыль в верстке. К примеру когда нужно залить блок прозрачным фоном.
kkoshakk: опишу утрированный алгоритм. Создаем мы рассылку к примеру с id=1 и рассылаем нашим подписчикам. Возьмем для примера подписчика с id=777. В итоге мы кладем ему в письмо ссылку на картинку с адресом domain.ru/empty.gif?letter_id=1&subscriber_id=777. Если он откроет письмо то браузер полезет за этой картинкой, хоть пользователь ее и не увидит, мы в логах получим сообщение о том что был запрос на domain.ru/empty.gif?letter_id=1&subscriber_id=777. И по логам потом опознаем пользователя и рассылку.
Но вообще мне такое применение не видится правильным. Логи парсить достаточно дорого. Проще отдавать каким нибудь скриптом и писать данные сразу в базу.