Безусловно, БД проектируются так, чтобы лучше всего обрабатывать большое количество сущностей в малом количестве "контейнеров" - много записей в небольшом числе таблиц, много документов в небольшом числе коллекций и т.д.
5 миллионов и даже 100 миллионов записей для нормальной СУБД это вполне адекватная нагрузка (до 1 миллиона - это вообще ни о чём). Как уже заметил
Петр , ГОРАЗДО важнее то, какие индексы вы добавите.
Схемы и таблицы должны добавляться исходя из нужд приложения, например при добавлении новых фич. Базы данных должны создаваться исходы из административных нужд - ограничение доступа, политика резервного копирования и т.д. 5, 10, и даже 50 БД на одном сервере это нормально (если на это есть основания), а вот 500 тысяч - это уже ни в какие ворота.