The callback will be called as close as possible to the time specified.
https://nodejs.org/docs/v0.6.1/api/timers.html
На сколько мне известно, гарантия та же, что и у браузерного JS: таймер может сработать как на несколько секунд раньше, так и позже.
А если скажем на середине задержки сервер залагает на минут 20, но к окончанию промежутка разлагает выполнится ли скрипт ровно в назначенное время или задержка увеличится на ~20 минут?
Хороший такой сервер :)
Точно сказать не могу, но, наверное, вариант #2.