$mysqli->set_charset("utf8")
указывается ли кодировка для базы данных (если не используется фреймворк)?
убедитесь, что кодировка при соединении с базой данных тоже задаётся и что таблицы ей соответствуют.
JavaScript работает только в utf8. К слову, если вывести полученные данные в php, вы сразу увидите, портит ли их JavaScript или они попадают на сервер целыми, а портятся уже в самой бд.