Подпишусь на вопрос, потому что вдруг есть что-нибудь такое, очень интересно посмотреть будет.
И соглашусь с
Андрей Плетенев, т.к. единого формата (пути) нет. Область знаний - это лес, вы сами выбираете куда вам идти и как, причем зачастую на ощупь.
Для себя я в последнее время использую блокнот Sublime + Markdown для ведения конспектов. Попутно пока еще использую Mars Notebook, т.к. там очень удобно систематизировать знания (в виде иерархии).
Ссылки не даю, все легко гуглится.