Так же как и любой другой хостинг:
IN A запись домена domain.ru должна указывать на IP адрес VPS.
На VPS'е должен быть настроена привязка к Вашему домену для IIS'а в дефолтном или отдельно созданном приложении, в котором будет жить Ваш сайт, возможно через virtual catalog, например /domain.com/mysite(1|2|3) если сайтов несколько.
Так же можно тоже настроить MX, если Вы на своем VPS собираетесь настраивать почту. Так же надо будет попросить хостера VPS настроить PTR запись для IP Вашей VPS, которая будет указывать на ваш домен, чтобы не было прблем отправления писем с Вашего домена в спам из-за не соответствия PTR записи, к примеру, IN A запись вася.ком, а PTR запись sddfg-client.vpshoster.com