В общем из Application можно вызывать startActivity, но только с оговорками
1. При вызове c Context из Aplication в Intent надо добавить флаг FLAG_ACTIVITY_NEW_TASK, который создаст новую задачу для нового активити, к текущему даже не будет вызвана OnPause().
2. Что бы завершить текущие активити надо добавить флаги FLAG_ACTIVITY_CLEAR_TOP, FLAG_ACTIVITY_CLEAR_TASK.
Итого мой код получился таким:
Intent intent = new Intent(MyApplication, Login.class);
intent.setFlags(Intent.FLAG_ACTIVITY_CLEAR_TOP |Intent.FLAG_ACTIVITY_CLEAR_TASK | Intent.FLAG_ACTIVITY_NEW_TASK);
MyApplication.startActivity(intent);