Для начала посмотрите как дела с ресурсами и процессами на машине. Может сразу выяснится, что дело, например, в БД, тогда отправляйтесь искать медленные запросы и тюнить базу. Если не в базе дело и изучение процессов и ресурсов ничего полезного не дает, то тут либо профилировать, либо, как сказали выше, действовать методом исключения.
Можете начать это с поиска быстрогузящихся страниц сайта и сравнения их медленными.
