Я сталкивался с ситуацией, когда мой экземпляр NSURLConnection закешировал некорректную DNS-запись (была проблема на нашем DNS-сервере), и даже когда пофиксили, Safari стал открывать «правильный» сайт по этому URL, моё соединение по-прежнему обращалось к ошибочной DNS-записи (может, не тот IP, а может, что-то другое). Свой NSURLCache я не создавал. Перезапуск приложения не помогал.
В итоге: политика кеширования корректных и некорректных DNS-записей может отличаться, но факт есть факт: в неких случаях «раздельное» кеширование существует.