Sketch
Axure
InvisionApp
Draw.io
Куча их, понятие "прототипа" сильно размыто. Если нужно, что-то вроде фотошопа(он стоит в тегах, почему-то), то смотрите на Sketch. Если уже есть готовый дизайн и надо запихать в кликабельный прототип - InvisionApp.
Axure рекомендуют, но он платный.
Draw.io - прототип в прямом значении слова, просто и понятно.