Репозиторий к ОРМ\ОДМ -- читайте про свое хранилище, я не против.
У вас вопрос в чем разница между репозиторием и сервисом -- прочтитайте первые 2 ссылки и поймете.
Как организовать проект -- читайте в третьей ссылке.
Кратко:
1. В репозитории лежат методы-запросы в ваше ОРМ\ОДМ хранилище
2. В сервисе лежат ваши методы (в сервис можно завернуть контроллер, репозиторий и любой другой класс который вы у себя будете использовать)
3. Организовать ваш код можете как вам угодно, симфони вам не будет мешать в этом. Главное чтобы вы понимали что вы делаете