Один из способов - выдать лицензию на домен, записать у себя этот домен и в движке записать функцию, которая будет обращаться к вашему сайту для проверки, есть текущий сайт в базе или нет.
Можно еще паучок свой написать, который будет ходить и искать сайты с вашим движком + проверять.
Насчет последнего вопроса: