1.
isset($password)
$password - что за переменная такая? В коде у вас есть только $_POST['password'] и $hashpassword.
Вот и не срабатывает у вас условие.
2.
$password_by_username = mysql_query("SELECT password FROM users WHERE username = '".$username"'");
Вы забыли вытянуть сам пароль из запроса (mysql_fetch_array or mysql_fetch_assoc) и в переменную записываете результат выполнения запроса, а не значение password.
P.S: переходите на mysqli, mysql в новых версиях PHP не поддерживается.