Вот функция в includes/wc-template-functions.php
function woocommerce_variable_add_to_cart() {
global $product;
// Enqueue variation scripts
wp_enqueue_script( 'wc-add-to-cart-variation' );
// Get Available variations?
$get_variations = sizeof( $product->get_children() ) <= apply_filters( 'woocommerce_ajax_variation_threshold', 30, $product );
// Load the template
wc_get_template( 'single-product/add-to-cart/variable.php', array(
'available_variations' => $get_variations ? $product->get_available_variations() : false,
'attributes' => $product->get_variation_attributes(),
'selected_attributes' => $product->get_variation_default_attributes()
) );
Подключает она этот шаблон single-product/add-to-cart/variable.php, копируем себе в тема/woocommerce/single-product/add-to-cart/variable.php и меняем разметку, а так же смотрим какие там еще есть хуки