нет, лицензию вы не потеряете. накатить любую(начиная от "родной" для вашего ноутбука и заканчивая актуальной на текущий момент) версию OS X вы легко можете в любое время. версию можете взять как с официального сайта так и с торрентов и это будет ОК.
Насчёт гарантии. Помню тред об этом пару лет назад... Сылку не дам, к сожалению, потерялась. Встречались случаи (в UK) когда продавец отказывал в гарантии на основании установленного линукса. Также были случаи, когда гарантия на макбуки с установленным linux нормально предоставлялась. Надо смотреть.
Но в любом случае, факт того, что вы снесли OS X и какой-то период на компьютере пожил линукс не лишает гарантии и если вы вернёте потом OS X и уже после произойдёт отказ - гарантии вы не лишитесь.