Все работают одинаково. Скрипт на PHP может быть запущен как демон и работать пока его не остановить. Равно как и в Java, C#, Ruby, Python, Perl можно сделать так, чтобы скрипт каждый раз умирал.
Строго говоря node.js это не язык программирования, а среда для исполнения javascript кода. Во многих языках есть аналогичные non-blocking i/o платформы, в php это
reactphp, в python это twisted, который появился задолго до появления node.js.
Вы сами решаете как будет работать ваша программа, либо как демон, либо запускаться каждый раз заново. Это не зависит от языка программирования. Просто в одном языке может быть более распространен один подход, в другом другой. Но это не означает, что в данном конкретном языке програмирования нельзя реализовать другой подход.