Нужно использовать спец-проги очистители, по типу Cleanmymac и т.п. Они умеют определять файлы, которые программа намусорила и удаляют и их тоже. Это в случае установщиков по типу «перетащи и брось», если же программа использует полноценный инсталлятор, то бывает что в комплекте идет и деинсталлятор, тогда лучше пользоваться именно им.