Доброго времени суток, во время клика логируется "Hi click working"? Если нет, то забыли прописать InputProcessor. Пропишите в метод show вашей сцены:
Gdx.input.setInputProcessor(gameStage);
Где gameStage ваш Stage на котором находится Actor.
Возможно сцена все же меняется, но что-то не так с рендером. Так же при загрузке сцены, поставьте логи что-бы исключить этот момент.
Что бы дать точный ответ почему у Вас не работает переход нужно видеть больше кода. Где Вы объявили сами сцены и переход между ними?