> Как правильно работать с лицензиями - в какую папку их класть
Следовать прилагаемой к лицензии инструкции (
например вот; здесь и далее ссылки на примере лицензий авторского лева ГНУ).
> как разобраться какая лицензия и что она означает
Прочитать саму лицензию (например,
GNU GPLv3) — свободные лицензии, в отличие от большинства юридических документов, написаны вполне человеческим языком. Прочитать комментарии к лицензии (
например). Прочитать ЧаВО по лицензии (
например). Что непонятно — спросить в рассылке / на веб-форуме. На что не могут однозначно ответить в рассылке / на веб-форуме — написать авторам лицензии (
например).
Избегать источников анонимного / коллективного авторства: tldrlegal.com, choosealicense.com и прочих «упрощалок»; Википедию с большой осторожностью.
> какие лицензии лучше не использовать в своём проекте
Несвободные.
Также, вероятно, разумно не использовать те лицензии, с пониманием которых возникают у вас или могут у кого-либо возникнуть проблемы. То есть те, что написаны нечеловеческим канцеляритом. Те, которые никто не комментирует и по которым не составляют ЧаВО. Те, на которые в профильных рассылках / форумах смотрят как баран на новые ворота. Те, чьи авторы не утруждают себя давать комментарии по тому, что же они написали.
> а какие можно и при каких условиях
Свободные. При условии, что:
1. Вы вообще вправе хоть для чего-либо выбирать условия распространения, то есть вы обладаете исключительными авторскими правами на то, что вы написали. А это может быть совсем не так, если вы, к примеру, пишете ваше произведение в рамках трудовой деятельности или под заказ.
2. Выбранные вами условия распространения для сугубо вашей части произведения не конфликтуют с условиями распространения для частей, которые вам не принадлежат. Если таковые есть, конечно, но они почти всегда есть. Если мы говорим о свободных программах, то это непосредственные заимствования, а также библиотечные зависимости.