Берёте и заполняете прямо в миграции стандартными средствами: через модели или просто через QueryBuilder.
Откатывать только такие миграции бывает сложно (когда данные, например, в таблицу добавляются), но иногда без них не обойтись. Сиды - это действительно не подходящий инструмент для заполнения каких-то справочников.