Это всё сертификаты в формате PEM.
То, что между BEGIN CERTIFICATE и END CERTIFICATE в принципе не является секретной информацией — там открытый ключ, информация о нём и подписи удостоверяющего центра, подтверждающие этот открытый ключ и дополнительную информацию. Эту информацию можно проанализировать командой openssl x509 -in domaine_com.crt -noout -text
Система такая, что в одном файле можно собрать несколько объектов, тогда они будут идти один за другим, по очереди: один закончился, END CERTIFICATE, потом сразу начинается следующий BEGIN что-нибудь. Можно и сертификат соединить с приватным ключом.
Ни в одном файле нет строки типа -----BEGIN RSA PRIVATE KEY-----, возможно, не в начале файла? Тогда и приватного ключа нет. Без него, очевидно, бессмысленно что-то пытаться делать.
Если найдёте, берите всё что, что от ----BEGIN… PRIVATE KEY---- (включая эту строку) и заканчивая ----END… PRIVATE KEY---- (включая). копируйте в отдельный файл. Этот файл и нужно указать апачу в директиве SSLCertificateKeyFile