Doxygen?
Первый вариант: по связке: SCM - выгрузка на диск - генерация - web-server. Правда, здесь онлайн документирования не будет - только документирование в коде.
Второй вариант: SCM - выгрузка в docbook - комментарии в XML Editor applet (прямо на сервере) - генерация - web-server. Но опять же с онлайном в чистом виде (как в wiki) не будет - только через выполнение апплета на клиентской машине.
Да, и еще... забыл добавить. Тот ресурс, который вы привели, использует статику. В нем нет возможности обновить онлайн.