1) многое зависит от рабочего окружения DE WM ит.д. - возможно подобный функционал там будет реализован, или какие-то возможности для реализации того что вы хотите.
2) поковыряйте в сторону xrandr xprop xwininfo wmctrl xdotool
к примеру: xwininfoxwininfo -tree -root выведет вам все открытые окна с их размером и положением на экране
через xrandr можете определить размер и положение экранов.
зная эту информацию вы можете отфильтровать нужные вам ID окон.
и с помощью wmctrl можно управлять окнами
возможно это можно сделать через один только wmctrl...