Насколько я вижу, происходит следущее:
- Вы изменяете настоящий DOM в componentDidMount с помощью плагина, используя findDOMNode или refs (Вы же это так делаете, верно?)
- если что-то изменилось в компоненте (props, state) - вызывается componentShouldUpdate, который по-умолчанию возвращает true, тогда идем дальше
- получаем virtual DOM из метода render(), сравниваем с настоящим DOM в браузере. Есть изменения - о которых React не знает
Может я сейчас чепуху напишу, но вижу 3 варианта:
1) после каждого componentDidUpdate и первого componentDidMount сохранять DOM, заменять настоящий, прошив его плагином (это просто какой-то лютый ад, не находите?) - тогда React не увидит никаких "левых" изменений
2) посмотреть плагин и реализовать это самому в формате React компонентов
3) найти подходящий готовый React компонент/плагин (самый огонь)