Как уже сказали, можно.
Сертификат может быть один для разных доменов через SAN SSL, а может быть и несколько штук.
В последнем случае для каждого домена нужно иметь свой IP, либо использовать механизм SSL SNI, который поддерживается не всеми клиентами. В частности, замечены проблемы на Android 4.
Самоподписанные сертификаты вариант, но некрасивый. Рекомендую бесплатные Let's Encrypt (удобно) или StartSSL (не слишком).