Смотря какую выборку вы делаете.
В первом варианте, если у вас признак отмечен как индекс, то работать будет достаточно быстро.
С вторым вариантом у вас возникнет проблема с изменением данных, точней не проблемы, а накладные расходы.
Если у вас единая выборка по рассылки "всем пользователям у кого стоит отметка" то оба варианта будут работать приблизительно одинаково. Если вы делаете выборку по группам пользователей, а потом выборку по признаку отправки смс, то вариант первый должен быть быстрей, так как задействована одна таблица.